Anna Paquin nació en Winnipeg, Manitoba (Canadá) el 24 de julio de 1982. Es hija de Brian Paquin, profesor canadiense de instituto de educación física y Mary Paquin (Brophy de soltera) profesora de inglés y nacida en Nueva Zelanda. Tiene un hermano, Andrew (1977), y una hermana, Katya (1980). Se mudó a Lower Hutt en Nueva Zelanda a los cuatro años de edad.
En Nueva Zelanda estudió en Raphael House Rudolf Steiner School hasta los ocho años y luego cursó el año académico 1994-1995 en Hutt Intermediate School en Wellington. En 1995, cuando Anna tenía 15 años, ella y su madre decidieron trasladarse a Los Ángeles para impulsar su carrera como actriz; terminó el instituto en Windward School, obteniendo su diploma en junio de 2000. Una vez terminado el instituto se trasladó a Nueva York donde se matriculó en la Universidad de Columbia y asistió a clases durante un año, hasta que decidió abandonar sus estudios para continuar con su carrera como actriz.
En 2001, adquirió la nacionalidad neozelandesa, de tal modo que posee doble nacionalidad canadiense y neozelandesa, aunque ella ha manifestado que se considera neozelandesa.
Aunque se muestra reticente a hablar de su vida privada actualmente vive con su compañero de reparto de True Blood Stephen Moyer, que interpreta a su novio en la ficción. Anna y Stephen empezaron a salir poco después de las audiciones para la serie, que fueron antes del verano de 2007, pero no confirmaron su relación hasta febrero de 2009 en una entrevista para la revista TV Guide US. Seis meses después anunciaron que estaban prometidos. El 1 de abril de 2010, como parte de la campaña publicitaria «Give a Damn» destinada a recaudar fondos para una organización a favor de los derechos LGBT, admitió públicamente ser bisexual.
A causa del rodaje de True Blood Anna se trasladó a vivir a Venice en Los Ángeles en 2007.
En varias ocasiones Anna ha declarado que se considera una persona muy atlética y que suele practicar la natación, boxeo, correr, montar en longboard (monopatín más largo), acude a clases de Ballet y monta en bici. Entre sus aficiones también se encuentran el punto, es seguidora del rugby y le gusta la fotografía; además sabe tocar el violonchelo y el piano y le gusta cantar. Se considera una adicta al café y al trabajo, como ella misma diría workaholic, y es vegetariana y una gran amante de los animales pues tiene dos perros Splash y Banjo.